写真の撮影日と更新日が異なっていても、問題ありませんか？

撮影日と更新日が異なっていても問題ありません。
「撮影日と更新日が異なる」といった表示は、他社ソフト独自の機能となります。
国土交通省の電子納品要領においても、「撮影日と更新日が一致していなければ認められない」という規定はございません。

なお、『蔵衛門御用達』でご提出いただく電子納品データは
撮影日と更新日が異なりますが問題なく納品できております。